草莓是多年生草本植物，薔薇科草莓屬。草莓因芳香多汁、營養豐富受到人們的喜愛，在全國各地均可種植。統計數據表明中國的草莓總產量在世界上排名首位。栽培草莓均為鳳梨草莓（Fragaria x ananassa，8n=56），而野生型二倍體森林草莓（Fragaria vesca，2n=14）是栽培草莓和薔薇科植物的模式材料。2011年Nature Genetics雜志發表了利用二代測序數據組裝的森林草莓v1.0版本基因組（Shulaev et al，2011），極大了促進了草莓和其它薔薇科植物的基因組學、分子生物學以及遺傳學研究。2018年，利用三代測序技術和光學圖譜對森林草莓基因組進行提升，獲得了升級的V4版本的基因組（Edger et al，2018），基因組注釋版本為v4.0.a1。然而，由于基因組注釋時使用的轉錄組數據較少，會出現基因組的注釋準確度低，基因數量少等問題。

　　近日，Horticulture Research在線發表了園藝植物生物學教育部重點實驗室康春穎教授課題組題為“Updated annotation of the wild strawberry Fragaria vesca V4 genome”的研究論文。該研究利用課題組前期開發的基因組注釋流程，結合Illumina和PacBio轉錄組測序技術的優勢，對森林草莓的基因組進行重注釋，進一步提升了森林草莓基因組注釋的完整度和準確度，獲得森林草莓基因組注釋新版本（v4.0.a2）。

　　新的基因組注釋（v4.0.a2）總共包含34007個蛋白編碼基因，BUSCOs評估基因組完整度達到98.1%。與（v4.0.a1）注釋相比較，v4.0.a2注釋新增了9029個新基因，對8342個基因的結構進行了提升，還為10176個基因添加了轉錄本信息。同時，該研究還提供了注釋基因在草莓不同組織和時期的表達譜數據。綜上，該研究利用Illumina 和PacBio測序技術對森林草莓基因組進行重注釋，獲得了高質量的基因組注釋，為草莓的遺傳改良以及薔薇科植物的比較基因組學研究提供了重要的資源。

　　該研究的*作者為博士研究生李永平。華中農業大學的康春穎教授為通訊作者；此外，研究生皮夢婷，高綺和馬里蘭大學的劉重持教授參與該研究。相關工作得到了國家自然科學基金的支持。

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