中國農機院呼和浩特分院始建于1960年，由原農業機械部以農機干徐字（1960）第77號文件批準設立。曾用名內蒙古畜牧機械研究所、機械工業部呼和浩特畜牧機械研究所等。1998年12月7日，原國家機械工業局以國機改（1998）第568號文《關于同意中國農業機械化科學研究院與呼和浩特畜牧機械研究所合并的通知》批復，機械工業部呼和浩特畜牧機械研究所合并到中國農業機械化科學研究院。2000年1月7日，原國家經濟貿易委員會和國家科學技術部以國經貿技術（2000）第16號文《關于印發調整國家經貿委管理的10個國家局所屬部分科研機構轉制方案的通知》，確定機械工業部呼和浩特畜牧機械研究所并入中國農業機械化科學研究院，定名為中國農業機械化科學研究院呼和浩特分院，轉制為中央直屬科技型企業。
呼和浩特分院位于內蒙古自治區首府呼和浩特市賽罕區昭烏達路506號，院本部及下屬海拉爾試驗站站區占地面積14萬平方米，擁有呼和浩特中試生產基地、賽汗塔拉風能實驗場、和林飼養技術及裝備試驗場、海拉爾低溫環境試驗站及科技示范農牧場，占地共7000多公頃。目前，呼和浩特分院擁有5個全資子公司、3個控股公司，下設7個研究所、中心等，現有從業人員720人，其中技術開發人員197人，研究員13人，獲國務院頒發政府特殊津貼7人，*工程師68人。
呼和浩特分院是從事畜牧業裝備研究開發并具有自營進出口業務權的科技型企業，也是*早從事可再生能源利用技術研究的科研單位之一。呼和浩特分院是“國家草原畜牧業裝備工程技術研究中心”、“內蒙古畜牧業裝備工程技術研究中心”、“內蒙古新能源工程技術研究中心”的依托單位。也是全國畜牧機械行業技術歸口單位，依托我院的公益性機構主要有全國風力機械標準化技術委員會、中國農業機械學會畜牧機械分會、機械工業畜牧機械產品質量監督檢測中心和機械工業風力機械產品質量監督檢測中心等。
建院以來，呼和浩特分院形成了適應我國畜牧業發展需要的草原建設與草原改良技術及裝備、飼草料收獲與貯存技術及裝備、牧草種子加工技術及裝備、飼草料制備與深加工技術及裝備、秸稈飼料轉化技術及裝備、畜產品采集與深加工技術及裝備、畜禽飼養技術及裝備、風能太陽能等可再生能源應用技術與裝備研發等門類齊全的專業建制；造就了一批有較高學術水平的專業技術人才；共完成各類科研技術開發項目845項，其中獲省部級以上科技成果獎90項，擁有專利、專有技術69項。
呼和浩特分院為適應市場經濟體制，逐步完善了各項管理規章制度，2003年通過了ISO9001質量和ISO14001環境體系認證。
在本世紀的前十年，呼和浩特分院要繼續以科技創新帶動產業發展，以產業發展促進技術創新，形成人才匯萃、技術創新和經濟持續增長的良性循環格局，向具有國際競爭實力的科技企業集團發展目標邁進。